Wenngleich sie die kleinste der drei großen Stralsunder Kirchen ist, so hat St. Jakobi eine nicht minder bewegte Geschichte als ihre zwei großen Geschwister.

Namensgeber für die heutige Kulturkirche ist der Heilige Jakobus der Ältere, Schutzpatron der Pilger und einer der zwölf Apostel Christi. Er gehörte zu den engsten Vertrauten Jesu Christi. Es heißt, er wäre ein hervorragender Prediger gewesen, weshalb er als der erste Apostel gilt, der den Märtyrertod starb. Es wird angenommen, dass er in der Gegend des heutigen Spaniens missionierte. Santiago di Compostela, wo sich die vermutete Grabstätte Jakobus‘ befindet, ist auch heute noch ein beliebter Pilger- und Wallfahrtsort. Die Jakobsmuschel dient hierbei als Symbol für den Heiligen Jakobus und die Pilgerfahrten.
Erstmals schriftlich erwähnt wurde die Kirche im Jahre 1303. Sie feierte somit im Jahre 2003 ihr 700-jähriges Jubiläum. Ihre grundlegende bauliche Entstehung muss etwa achtzig Jahre gedauert haben, während bereits 1321 nachweislich der kirchliche Dienst aufgenommen wurde. Im Laufe des 15. Jahrhunderts wurden weitere Kapellen errichtet und der Turm umgebaut.
Unwetter und Kriege zerstörten seit dem 16. Jahrhundert beständig kleinere und größere Teile der St.-Jakobi-Kirche, so dass über die Jahrhunderte immer wieder Ausbesserungen und Reparaturen vonnöten waren.
Den größten und heute noch am stärksten sichtbaren Schaden erlitt die Kirche 1944, als sie durch eine Bombe getroffen wurde, und durch die Plünderungen in der Nachkriegszeit. Die Orgelpfeifen der Mehmelorgel wurden für die Dachrinnen der Nikolaikirche verwendet, das Gestühl verheizt. Unter anderem der Turm, eine Vielzahl der Gewölbe und große Teile der Dächer waren nahezu vollständig zerstört. Zur gleichen Zeit begann der Wiederaufbau der Kirche.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde St. Jakobi letztmalig kirchlich genutzt. Zwischenzeitlich diente sie nun als Archiv und als Kunstgutlager, ab den frühen achtziger Jahren bis 1994 war es zu einem Baustofflager umfunktioniert worden.

Seit nunmehr über zehn Jahren wird der Raum vielfältig als Kulturkirche genutzt: seien es Konzerte, Theateraufführungen, Theaterproben, Ausstellungen, Märkte oder Messen. Durch den beständigen Umbau und die fortlaufende Restauration bleibt die Kirche veränderlich und gleichzeitig Zeuge ihrer bemerkenswerten Geschichte.