Dieses Kloster der Franziskaner wurde im Jahre 1254 gegründet, gehört zu den ältesten Bauwerken der Stadt und war eine der größten Niederlassungen jenes Ordens an der südlichen Ostseeküste. Die Besonderheit besteht in dem historisch gewachsenem Neben- und Ineinander verschiedener Bauepochen, den einzelnen Phasen der dominierenden Gotik, des Barock und des Klassizismus. Ein Grossbrand vernichtete im Jahre 1624 die 77 Meter lange, gotische Hallenkirche. Die Ruine des Chores baute man erst um die Mitte des 17.Jahrhunderts zur kleinen Johanniskirche aus und fügte in die Umfassungswände der ausgebrannten Halle einen Kreuzgang. Beide Bauteile sanken durch das amerikanische Bombardement im Jahre 1944 in Schutt und Asche. Nach der Reformation nutzte die Stadt das Kloster als Armenanstalt. Die sorgfältige Restauration des Klosters von 1963 bis 1986 und das Bestreben, das Bauwerk möglichst in seiner ursprünglichen Architektur und alter Schönheit wiederherzustellen, ließ hier in der Schillstraße einen beliebten Aufenthaltsort für Stralsunder und Besucher entstehen. Eine Rarität stellt der Räucherboden im Obergeschoss dar. Der ungewöhnliche Name ergibt sich aus der Konstruktion der Kamine. Diese endeten hier unter dem Dach und gaben den Rauch in den Bodenbereich frei. Die Barockbibliothek im Johanniskloster bietet heute dem Besucher einen wunderbaren Einblick in die Buchwelt des Barock. Rund 2500 Bücher aus dem Besitz des ehemaligen schwedischen Generalgouverneurs Axel Graf von Löwen werden hier aufbewahrt. Sie stammen aus einer Schenkung, mit der er die Stadt im Jahre 1761 bedachte. Ein faszinierendes Ambiente für Konzerte und Vorträge bietet der Kapitelsaal mit seinem Kreuzgewölbe und seinen gotischen Wandmalereien. Im Jahre 1964 bezog das Stadtarchiv hier verschiedene Arbeitsräume. Westlich gelegen vom Kloster sind zahlreiche zweigeschossig angelegte Fachwerkhäuschen zu finden, die heute als Wohnraum genutzt werden. In der Ruine des Kirchenschiffs wurde anlässlich des 50sten Todestages des großen Bildhauers, Grafikers und Dichters, Ernst Barlach, am 24.Oktober 1988 eine Nachbildung seiner Pietà aufgestellt. Sie erinnert an das unsagbare Leid, welches das Völkermorden der Kriege über die Menschheit brachte.