St. Marien hat ihre mittelalterliche Ausstattung bis auf wenige Stücke verloren, die Kirche besitzt allerdings wertvolle Ausstattungsteile u. a. aus der Barockzeit. Stellvertretend seien genannt:

• Marienkrönungsaltar, Mitte des 15. Jahrhunderts, in den 1990-er Jahren aus der Friedhofskapelle Semlow nach St. Marien gekommen
• Achteckiges Taufgehäuse, 1738
• Kalksteintaufe, Ende 13. Jahrhundert
• Orgel, 1653-59 von Friedrich Stellwagen
• drei große Schnitzfiguren: Maria mit Kind, Petrus, Paulus, um 1430, ursprünglich für den Giebel der nördlichen Portalvorhalle
• drei große Messingkronen: 1557, 1639, 1649
• Zahllose Kapellenschauwände, Epitaphien, Leuchter, Wandarme, Grabplatten