Die Außenflächen der Kirche sind großteils bereits instandgesetzt worden. Die Marienkirche wurde von 1992 bis 2004 außen saniert. Die Maßnahmen wurden gefördert durch die Deutsche Stiftung Denkmalschutz, das Land Mecklenburg-Vorpommern und die Bundesrepublik Deutschland. Sie sind im wesentlichen abgeschlossen und führten zur Wiederherstellung der zuletzt überlieferten Form; die im 19. und frühen 20. Jahrhundert teilweise veränderten Fensterformen wurden beibehalten.

Seit einigen Jahren laufen die Vorbereitungen zur Restaurierung der wertvollen Stellwagen-Orgel von 1657, gefördert von der Hermann-Reemtsma-Stiftung. Dies führte zunächst zur Forderung, die Wand- und Gewölbeflächen im Bereich der Orgel zu sanieren und schließlich zum Beginn der Innenrestaurierung von St. Marien. Zunächst erfolgte eine gründliche stichprobenartige Untersuchung der Oberflächen in Langhaus, Vierung, Querhaus und Chor. Durch die Untersuchung konnte das komplexe mittelalterliche Fassungssystem insbesondere des Langhauses einigermaßen vollständig ermittelt werden.

Die jüngsten Restaurierungsarbeiten an der Ausstattungen betrafen bislang u.a.:

• Sicherung, Restaurierung und Ergänzung am aus der Friedhofskapelle Semlow hierher verbrachten Marienkrönungsaltar, Mitte des 15. Jahrhunderts
• Restaurierung verschiedener in der Kirche hängenden Bilder
• Restaurierung der Stellwagen-Orgel mit umfangreichen Arbeiten am Prospekt und am Orgelwerk