St. Nikolai besitzt eine außergewöhnlich umfangreiche Ausstattung mit hervorragenden Einzelstücken, darunter sehr viele mittelalterliche. Stellvertretend seien genannt:

• Anna Selbdritt, Großplastik (Stuck / Thron aus Eichenholz), um 1270
• Chorschranken, Anfang des 15. Jahrhunderts
• Kreuztragender Christus, Holzskulptur, 1. Viertel 15. Jahrhundert
• Altar der Riemer und Beutler, 1. Hälfte 15. Jahrhundert
• Altar der Familie Junge, 2. Viertel 15. Jahrhundert, mit der „Junge-Madonna“
• Christus, die Wundmale zeigend, Holzskulptur, Mitte 15. Jahrhundert
• Relief aus dem Gestühl der Nowgorodfahrer, 2. Hälfte 15. Jahrhundert
• Hochaltar, um 1470, Flügelretabel aus Eiche mit Reliefs im Schrein, Innenflügeln und Predella sowie Tafelgemälden auf den Außenseiten und Außenflügeln
• Altar der Schneider, Ende 15. Jahrhundert
• Altar der Bergenfahrer, um 1500
• Sängerempore, um 1500
• Empore von 1505
• Bürgermeister-Altar, zwischen 1500 und 1516
• Krämergestühl, 1574
• Kanzel von 1611
• Ratsgestühl, 1652
• Langhausaltar, um 1700, nach Entwurf von Andreas Schlüter, Berlin, Ausführung durch Th. Phalert, Stralsund
• Taufgehäuse, um 1720, Elias Kessler, Stralsund
• Aarhusfahrergestühl, um 1720
• Goldschmiedegestühl, um 1730
• Orgel, 1841, von Carl August Buchholz, Berlin
• Zahllose Kapellenschauwände, Epitaphien, Leuchter, Wandarme, Grabplatten