Die Außenflächen der Kirche sind großteils bereits in den 1980-er Jahren instandgesetzt worden. Die Restaurierung des Innenraums ist im Langhaus und dem Chorumgang Anfang der 1990-er Jahre weitgehend erfolgt. Erheblicher Sanierungsbedarf besteht bei der Sicherung und Restaurierung der Wandmalereien in den Seitenschiffen des Langhauses und des Großteils der Ausstattung. Für 2006 ist die Sanierung der Verglasung des Chorumgangs geplant. Die jüngsten Restaurierungsarbeiten an der Ausstattungen betrafen bislang u.a.:

• Sicherung, Restaurierung und Ergänzung am Hochaltar gefördert durch die Deutsche Stiftung Denkmalschutz und den Förderverein St. Nikolai
• Konservierungsarbeiten an den übrigen mittelalterlichen Schnitzaltären und der Anna Selbdritt
• Restaurierung des Kramergestühls
• Restaurierung des „Schlüter-Altars“ (Fertigstellung geplant 2007), gefördert durch die Rudolf August Oetker Stiftung für Kunst, Kultur, Wissenschaft und Denkmalpflege
• Restaurierung der Buchholz-Orgel mit umfangreichen Ergänzungsarbeiten am Prospekt und am Orgelwerk, gefördert durch die Deutsche Stiftung Denkmalschutz und den Förderverein St. Nikolai